پس از بررسی نیازها و تدوین هدفها مرحله بعدی انتخاب محتوای برنامه است. اگرچه با مشخص شدن محورها و اهداف برنامه، انتخاب و سازماندهی محتوا تا حد زیادی تسهیل میشود اما فرایند انتخاب محتوا همواره از حساسیت و اهمیت ویژه ای برخوردار بوده است. این حساسیت و اهمیت نیز بیشتر به علت ماهیت تصمیماتی است که درباره محتوا اتخاذ می گردد. با این همه ذکر این نکته حائز اهمیت است که در فرایند برنامه ریزی درسی، تعیین موضوع آموزشی فرایندی مقدم بر محتوا است. اما از آنجا که انتخاب ماده آموزشی تا حد زیادی با توجه به اهداف تعیین شده، آسانتر می شود، حساسیت و اهمیت بیشتر متوجه فرایند انتخاب و سازماندهی محتوا برای یک موضوع درسی خاص است. 

منظور از محتوای یک ماده درسی عبارت است از دانش سازمان یافته و اندوخته شده اصطلاحات ،اطلاعات ،واقعیات ،حقایق، قوانین، اصول، روش‌ها، مفاهیم، تعمیم‌ها، پدیده‌ها و مسائل مربوط به همان ماده درسی است.